Il Monastero dei Benedettini, annesso alla chiesa, ha origini più antiche, risalenti alla metà del XVI sec. La colata lavica del 1669 e il terremoto del 1693 lo distrussero in gran parte e la sua ricostruzione comincia agli inizi del 1700 e vede protagonisti i più capaci e noti architetti del tempo – Ittar, Battaglia e Vaccarini – ma non viene conclusa del tutto, quindi resta incompleta. La facciata principale comprende il grande portone ed è ricca di balconate e decori raffiguranti mascheroni, putti e ninfe. I due chiostri interni, insieme alla doppia rampa di scale in marmo, costituiscono gli elementi più significativi e degni di pregio di questo edificio. Ad oggi ospita la prestigiosa Facoltà di Scienze Umanistiche.